El 5 de enero de 1728 los frailes dominicos fundaron la Universidad de La Habana, este hecho marca un hito en la historia de la enseñanza superior en Cuba. La apertura de la alta casa de estudios se produjo en un contexto atravesado por la polémica sostenida entre los dominicos y los jesuitas cuyo objetivo era capitalizar el universo educativo de las élites coloniales. Los frailes predicadores lograron su meta mediante la fundación universitaria en su convento habanero de San Juan de Letrán, siendo ocupada la rectoría en reiteradas ocasiones por religiosos criollos. La institución contó al momento de su fundación con cinco facultades: Teología, Derecho Canónigo, Leyes, Medicina y Filosofía.
Por su parte los ignacianos cumplieron su objetivo con la apertura del colegio San José entre los años 1723-1725. La escuela jesuítica si bien no tuvo rango de enseñanza superior, aportó un modelo educativo innovador con respecto al período histórico, pues el plantel dominico era un centro dominado por la filosofía tomista en pleno siglo de la Ilustración. El colegio San José contó con la presencia de intelectuales como Ignacio Butler y Francisco Javier Alegre, que contribuyeron al impulso didáctico del espacio formativo.
Situado en Santiago de Cuba, el Seminario San Basilio el Magno constituye otra de las instituciones que enriqueció el panorama educativo de la vida colonial. Fue fundado en 1722 por el obispo Jerónimo de Nosti y Valdés. La institución contó con la condición de colegio-seminario durante los siglos XVIII y XIX, pero lamentablemente tuvo con lidiar con numerosos inconvenientes que dificultaron un esplendor similar a las otras instituciones educativas cubanas entre ellas el empobrecimiento de la zona donde se ubicaba y la residencia permanente del obispo durante todo el siglo XVIII en La Habana. Además, a lo largo de su historia ha poseído la condición de seminario menor, concentrado solo los estudios de filosofía o de primera etapa en la formación clerical.
En 1767 fueron expulsados los jesuitas de los dominios españoles, quedando abandonado el inmueble que ocupaba el Colegio San José. Frente a esta circunstancia el obispo Santiago José de Hechevarría fundó en junio de 1773 el Seminario de San Carlos, que se uniría con el débil Seminario San Ambrosio abierto por el obispo Compostela en la centuria anterior. EI Seminario San Carlos y San Ambrosio, se convirtió durante los finales del siglo XVIII y los principios del XIX en un centro de difusión del conocimiento para los hijos de las principales familias criollas. Debido a su condición de real y conciliar en esta institución podían estudiar tantos jóvenes laicos, como aspirantes al sacerdocio.
"Hacia la década de 1830 se le retira la posibilidad de formar estudiantes laicos, entrando en un ciclo de decadencia, que se agudizó con las políticas desamortizadoras impulsadas por los gobiernos liberales españoles"
Durante la época los estudiantes preferían formarse en el seminario y luego revalidar su grado en la Universidad, pues la casa de altos estudios seguía inmersa en un sistema formativo escolástico. Está preferencia se fue consolidó en las dos primeras décadas del siglo XIX durante el obispado de Juan José Fernández Díaz de Espada y Landa, pues este colegio se convirtió en un espacio académico para la difusión de las ideas liberales que llegaban a la Isla. Hacia la década de 1830 se le retira la posibilidad de formar estudiantes laicos, entrando en un ciclo de decadencia, que se agudizó con las políticas desamortizadoras impulsadas por los gobiernos liberales españoles.
Con los procesos secularizadores de la década de 1840 se dinamita la alianza entre el clero y las élites insulares, dinamitando así el componente criollo del clero regular. Este ciclo liberal tuvo un efecto negativo para la colonia, pues debilito las actividades educativas y asistenciales desarrolladas por la Iglesia. En medio de esta circunstancia el gobierno metropolitano expropia la Universidad de La Habana a los frailes dominicos, privándola de su condición pontificia para convertirla en real y literaria.
Esta circunstancia, no implicó una transformación total de la enseñanza, pues debido al retraso que presentaba el sistema educativo colonial no se favoreció una innovación pedagógica. De igual modo este proceso influyó para que numerosos criollos salieran estudiar fuera del país, adquiriendo un dominio especializado sobre los principales adelantos científicos y humanistas de la época.
Durante el período de las Guerra de Independencia la Universidad de la Habana se convirtió en un centro emisor del pensamiento independentista, lo cual hizo que decenas de sus estudiantes se incorporarán al Ejército Libertador. Esta tendencia política estudiantil focalizó a la institución en la mira de los círculos integristas teniendo su punto represivo más álgido en el fusilamiento de ocho de estudiantes de medicina el 27 de noviembre de 1871.
"Hasta el año 1898 la Universidad de La Habana sorteó numerosos obstáculos entre ellos la inestabilidad política de la Isla y el atraso del sistema educativo español, pero a su vez se vio fortalecida con la creación de nuevas instituciones científicas como la Real Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana"
Hasta el año 1898 la Universidad de La Habana sorteó numerosos obstáculos entre ellos la inestabilidad política de la Isla y el atraso del sistema educativo español, pero a su vez se vio fortalecida con la creación de nuevas instituciones científicas como la Real Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana. Estos espacios fortalecieron el debate investigativo insular, pero a su vez demostraron la necesidad de potenciar una educación experimental.
Hasta el establecimiento de la República de 1902, la Universidad sorteó numerosas dificultades, entre ellas perder su atractivo formativo para un amplio sector de la élite cubana, lo cuál la obligó a desarrollar un amplio plan de reformas docentes durante el siglo XX. Este esbozo de la enseñanza colonial nos remite al presente, salvando las distancias y los contextos, pues Cuba hoy está necesitada de una profunda reforma de la enseñanza universitaria, donde prime la diversidad de modelos formativos, en sintonía con los estándares internacionales. Al igual que en el período colonial, la migración de científicos e intelectuales en el presente vuelve estar atravesada por binomio libertad y formación actualizada.